A.  MASA PEMBENTUKAN

     Pada awal pembentukannya, Pengadilan Militer yang saat itu disebut dengan Mahkamah Militer merupakan salah satu organisasi dalam susunan organisasi Badan Pembinaan Hukum ABRI (Babinkum ABRI) yang tergabung dalam Badan Kemahkamahan Militer yang disingkat Bamahmil, sesuai dengan Keputusan Pangab Nomor KEP/01/P/I/1984 tanggal 20 Januari 1984 lampiran "K" pasal 4 huruf f nomor 1. Dalam Keputusan yang sama pasal 22 disebutkan bahwa Bamahmil adalah sebutan Kelompok Badan Yustisi yang menyelenggarakan kekuasaan kehakiman di lingkungan ABRI sebagai bagian dari Peradilan Negara, yang terdiri dari :

1.  Mahkamah Militer Agung, disingkat Mahmilgung

2.  Mahkamah Militer Tinggi, disingkat Mahmilti

3.  Mahkamah Miiter, disingkat Mahmil

4.  Mahkamah Militer Luar Biasa, disingkat Mahmilub

Pada sub lampiran VI dari lampiran "K" pasal 2 dan pasal 4 Keputusan Pangab tersebut dapat dijelaskan secara singkat bahwa Mahkamah Militer adalah suatu Badan Pengadilan di lingkungan Peradilan Militer yang secara organisatoris, administratif dan keuangan berkedudukan di lingkungan Mabes ABRI, dalam hal ini Babinkum ABRI, dan secara tehnis yudisiil di bawah pengawasan Mahmilti.

Mahmil memiliki fungsi utama memeriksa dan memutus dalam Peradilan tingkat pertama perkara-perkara kejahatan dan pelanggaran serta mengatur dan meneruskan permohonan banding, grasi, kasasi serta peninjauan kembali perkara-perkara yang menjadi wewenangnya.

Sesuai dengan Keputusan Menteri Pertahanan Keamanan Nomor KEP/109/VII/1985 tanggal 17 Juli 1985 pada lampiran II nomor 12 disebutkan bahwa Mahkamah Militer yang berkedudukan di Surabaya disebut dengan MAHKAMAH MILITER III-18 AMBON disingkat MAHMIL III-18 AMBON. Mahmil III-18 Ambon ini merupakan Pengadilan dengan tipe B yang mempunyai wilayah hukum seluruh wilayah Provinsi Maluku dan Maluku Utara yang meliputi kedudukan satuan-satuan Kodam XVI/Pattimura beserta jajarannya, Tual beserta jajarannya, Lantamal IX Ambon beserta jajajarnya, Lanud Pattimura Ambon. Lanud Leo Wattimena Ternate beserta jajarannya, Lanud Dumatubun beserta jajajarannya.

Dalam menjalankan tugas pokok dan fungsinya, sesuai dengan sub lampiran VI dari lampiran "K" Keputusan Pangab tersebut di atas, Struktur Organisasi Mahmil III-12 Surabaya disusun meliputi 4 (empat) unsur, yaitu :

1.  Unsur Pimpinan, terdiri dari seorang Kepala Mahmil III-18 Ambon (Kamahmil) dan Wakil Kepala (Waka Mahmil)

2.  Unsur Pembantu Pimpinan, dipimpin oleh Seorang Kepala Kepaniteraan (Katera)

3.  Unsur Pelayanan, dipimpin oleh seorang Kepala Tata Usaha dan Urusan Dalam (Kataud)

4.  Unsur Pelaksana, terdiri dari Majelis Hakim dan Kelompok Hakim Militer (Pokkimmil)

B.  MASA PERALIHAN

     Dalam perkembangannya terbitlah Keputusan Presiden Nomor 56 Tahun 2004 tentang Pengalihan Organisasi, administrasi dan finansial Pengadilan dalam lingkungan Peradilan Militer dari Markas Besar Tentara Nasional Indonesia ke Mahkamah Agung RI. Berdasarkan Keputusan Presideng tersebut maka Mahkamah Militer III-18  Ambon selanjutnya berada di bawah Mahkamah Agung RI dan berubah nama menjadi PENGADILAN MILITER III-18 AMBON disingkat DILMIL III-18 AMBON.

Walau telah ada Keputusan Presiden tersebut, namun organisasi, administrasi dan finansial Dilmil III-18 Ambon belum dapat serta merta seluruhnya dialihkan ke Mahkamah Agung RI, akan tetapi dilakukan secara bertahap, diantaranya :

1.  Bidang organisasi : Dalam hal kedudukan, tugas, fungsi dan kewenangan Dilmil III-18 Ambon tidak mengalami perubahan. Struktur Organisasi yang digunakan masih mengacu pada Struktur Organisasi seperti pada awal pembentukannya.

2.  Bidang administrasi : Sesuai dengan Keputusan Ketua Mahkamah Agung RI Nomor KMA/003/SK/I/2007 tanggal 11 Januari 2007 tentang Pengurusan administrasi personel bagi Prajurit TNI yang bertugas di Pengadilan dalam lingkungan Peradilan Militer, Ketua Mahkamah Agung menunjuk Dirjen Badilmiltun Mahkamah Agung RI untuk berkoordinasi dengan Mabes TNI untuk melaksanakan kebijakan di bidang pembinaan personel dengan mempedomani ketentuan-ketentuan administrasi yang berlaku bagi Prajurit TNI. Sedangkan bagi personel Pegawai negeri Sipil (PNS) yang bertugas di Pengadilan dalam lingkungan Peradilan Militer sesuai Surat Keputusan Panglima TNI Nomor Skep/293/IX/2004 tanggal 8 September 2004 bahwa PNS yang bertugas di Pengadilan Miiter diberhentikan dari jabatan dan kesatuan lama (Babinkum TNI) dan diangkat dalam jabatan dan kesatuan baru (Mahkamah Agung RI) yang berarti secara keseluruhan administrasi kepegawaian bagi PNS berada di bawah kebijakan Mahkamah Agung RI.

3.  Bidang finansial : Secara finansial, anggaran Dilmil III-18 Ambon berada di bawah Mahkamah Agung RI sesuai yang tertuang dalam DIPA (Daftar isian pelaksanaan Anggaran).

Karena pada saat pengalihan dari Babinkum TNI ke Mahkamah Agung RI tersebut Dilmil III-18 Ambon belum memiliki gedung dan barang inventaris sendiri, maka Dilmil III-18 Ambon masih menempati gedung lama dan menggunakan inventaris yang ada yang merupakan aset Babinkum TNI. Penggunaan dan perawatan aset ini diatur dalam Surat keputusan Bersama Ketua Mahkamah Agung RI dan Panglima TNI Nomor KMA/065A/SKB/IX/2004 dan Nomor Skep/421/IX/2004 tanggal 1 September 2004 tentang Penggunaan dan perawatan aset dan barang inventaris Markas Besar TNI oleh Pengadilan dalam lingkungan Peradilan Militer. Aset yang digunakan dianaaranya tanah dan bangunan, alsatri dan alsintor serta kendaraan bermotor. Biaya pemeliharaan aset dan barang inventaris sebagaimana dimaksud dibebankan pada anggaran Mahkamah Agung RI.

C.  MASA SEKARANG

     Dengan menempatkan kedudukan Pengadilan Militer di bawah Mahkamah Agung RI, membuat perubahan yang sangat mendasar dalam sistem Peradilan Miiter di Indonesia. Hal ini dianggap sebagai jawaban atas perkembangan hukum yang terjadi, sekaligus sebagai upaya perbaikan terhadap kinerja penanganan perkara tindak pidana di lingkungan TNI.

Setelah berada satu atap di bawah Mahkamah Agung RI, banyak perkembangan dan perbaikan yang dilakukan oleh Mahkamah Agung RI, diantaranya :

1.  Sejak tahun 2006 secara bertahap Dilmil III-18 Ambon mengadakan pembelian inventaris kantor dari anggaran Mahkamah Agung RI dan mengembalikan inventaris Mabes TNI, hingga saat ini tidak ada lagi inventaris Mabes TNI yang digunakan oleh Dilmil III-18 Ambon.

2.  Memulai pembelian tanah untuk pembangunan gedung kantor pada tahun 2006 dan memulai pembangunan gedung kantor secara bertahap sejak tahun 2013.

3.  Menyelenggarakan pelatihan-pelatihan yang diikuti oleh para personel terutama para Hakim baik di bidang tehnis maupun non tehnis.

4. Sesuai kebijakan Mahkamah Agung RI tentang Reformasi Birokrasi maka Dilmil III-18 Ambon mendukung penuh segala kebijakan Mahkamah Agung RI dengan meningkatkan kinerja serta meningkatkan pelayanan kepada para Pencari Keadilan.

5.  Dalam hal keterbukaan informasi, Dilmil III-18 Ambon memiliki website yang beralamat di www.dilmil-surabaya.go.id yang berusaha menyediakan informasi yang dibutuhkan dan perlu untuk diketahui oleh Publik.